El Museo de la Cultura Maya es, en muchos sentidos, innovador. Su eje rector es la comunicación e interpretación de ideas y conceptos, por lo que difiere de los modelos museográficos tradicionales que otorgan a la exhibición de objetos el papel principal. El museo intenta presentar las claves que expliquen el mundo maya, su compleja cosmogonía, las raíces materiales y espirituales de su cultura, y sus enormes avances intelectuales en el momento de su mayor esplendor: el periodo Clásico (250 – 900 d.C.). La exposición permanente ocupa el edificio de una antigua subestación eléctrica cuyo interior se modificó por completo. La planta baja se escalonó de manera ascendente hacia el interior, formando un sótano y se construyó un mezzanine.

Estos niveles se ligan entre sí mediante rampas, puentes y escaleras, abiertas, al igual que el mezzanine, hacia la sala principal, permitiendo interrelacionar los diversos aspectos de la cultura maya. Mediante la reproducción de una franja de selva tropical, que cruza en diagonal y en toda su altura la sala de exhibición, se representa el medio ambiente principal en que se desarrolló la cultura maya. De esta manera la “selva” también es una presencia constante en el museo, que el público debe atravesar frecuentemente durante el recorrido. Las características urbanas y arquitectónicas mayas se presentan, entre otros medios, mediante maquetas de los centros ceremoniales de importantes ciudades y de edificios sobresalientes de diversas regiones y estilos arquitectónicos. Para explicar los conceptos de la cosmovisión maya se creó una estructura de tres niveles, en cuyo eje se ubicó una interpretación tridimensional de la ceiba sagrada. Durante su recorrido el público accede a cada uno de estos niveles que simbolizan el inframundo, el mundo humano y el mundo superior.

Estos y los demás temas del museo se expresan por medio de una amplia gama de elementos museográficos, conformando una exposición en la que el espectáculo y el uso de recursos tecnológicos que permiten la participación activa del visitante, están aunados al rigor científico de la información que transmiten.