Paquimé es la zona arqueológica más importante del Norte de México y una de las principales de la extensa región llamada la Gran Chichimeca. El sitio comenzó a edificarse hacia el 1200 d.C. y alcanzó su apogeo entre 1300 y 1450 d.C., cuando fue un centro comercial y religioso de gran importancia.

La exposición sigue una secuencia cronológica, desde los primeros pobladores de la región hasta el período de mayor esplendor de la ciudad, mostrando las características de su arquitectura de adobe, su gente, sus actividades económicas, su vida cotidiana y su religión, para concluir con su destrucción y abandono. También se presenta una sinopsis de la historia regional, destacando algunos de sus momentos y personajes emblemáticos. Por último se muestran expresiones de la cultura de los grupos indígenas que habitan actualmente el norte de México y el suroeste de los Estados Unidos.

El edificio del museo está organizado alrededor de un amplio patio central circular y cuenta con tres salas de exposición, cada una relacionada con un patio de diferente forma. Para enfatizar la articulación de los espacios y la circulación principal entre las salas, se conformó una galería alrededor del patio central circular definida por dos grandes trabes suspendidas, cuyas curvas establecen un vigoroso contraste con el plafón museográfico reticulado. La museografía se resolvió sin divisiones formales, para abrir perspectivas profundas y ligar visualmente las áreas de exhibición entre sí y con los patios exteriores, conjugando la función expositiva con la de estructuración de los espacios, mediante formas y colores sobrios que destacan el valor estético de las piezas y logran un justo equilibrio entre éstas y los elementos didácticos de información.